Posted by on 20 kwietnia 2018

Dla porównania, pacjenci z rozszerzoną kardiomiopatią byli rekrutowani w Royal Brompton i Harefield NHS Foundation Trust w Londynie, jak opisano wcześniej.19 Sekwencjonowanie DNA i analizy
Zbudowaliśmy biblioteki kodowania barowego z genomowego DNA uzyskanego od 172 pacjentów z kardiomiopatią okołoporodową i 332 pacjentów z kardiomiopatią rozstrzeniową. Biblioteki wzbogacono o części kodujące białka 43 genów, które po zmutowaniu powodują poszerzenie kardiomiopatii, a następnie sekwencjonowanie (Tabela S1 w dodatkowym dodatku, dostępna w pełnym tekście tego artykułu w). 43 geny obejmują ogromną większość genów, o których wiadomo, że są związane z rozszerzoną kardiomiopatią i były obecne na dwóch platformach, które stosowano do sekwencjonowania pacjentów z kardiomiopatią okołoporodową i z kardiomiopatią rozstrzeniową.
W przypadku bibliotek kardiomiopatii okołoporodowej geny przechwytywano przy użyciu SureSelect Target Enrichment (Agilent Technologies) i sekwencjonowano w systemie sekwencjonowania HiSeq 2500 (Illumina). Odczyty zostały dostosowane do hg19 (GRCh37) za pomocą NovoAlign, wersja 3.02.04 (Novocraft), z pomiarami ustalonymi dla pełnego dopasowania Needlemana-Wunscha i karą za lukę wynoszącą 10. Warianty zostały zidentyfikowane za pomocą zestawu narzędzi do analizy genomu (GATK) Narzędzie HaplotypeCaller na podstawie GATK Best Practices.20 Warianty opisano za pomocą SnpEff i GRCh37.68.21 W próbkach pobranych od pacjentów z rozszerzoną kardiomiopatią, geny wychwytywano przy użyciu hybrydyzacji w roztworze i sekwencjonowano na SOLiD 5500XL (Applied Biosystems). Odczyty zostały zdemultipleksowane, zoptymalizowane za pomocą narzędzia SOLiD Accuracy Enhancement Tool i dostosowane do hg19 przy użyciu ukierunkowanego ciągu resekwencyjnego SOLiD. Warianty zostały zidentyfikowane przy użyciu oprogramowania do analizy genomowej LifeScope, wersja 2.5.1, z domyślnymi pomiarami i opatrzone adnotacjami przy użyciu Ensembl Variant Effect Predictor (API wersja 75 na GRCh37) .22
Analiza statystyczna
Użyliśmy dokładnego testu Fishera (do analiz dwustronnych) lub testu chi-kwadrat Pearsona dla analizy grup krzyżowych i grupowych. Częstotliwość skracania zmian została porównana między kohortami przy użyciu testu dwumianowego. Analizy przeprowadzono przy użyciu pakietu statystycznego R.
Wyniki
Badaj pacjentów
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka demograficzna pacjentów w każdej kohorcie i częstość występowania skracających się wariantów na początku badania. Łącznie 172 kobiety z kardiomiopatią okołoporodową rekrutowano z sześciu kohort (tab. 1). Około jedna trzecia pacjentów pochodziła z Afryki, zgodnie ze znanym wzrostem częstości występowania kardiomiopatii okołoporodowej w tej grupie. Pochodzenie zdefiniowano genetycznie za pomocą analizy zasad-komponentów wszystkich popularnych wariantów, które zostały zsekwencjonowane (ryc. S1 w dodatku uzupełniającym). Frakcja wyrzutowa była najniższa w grupie A, która składała się z pacjentów, którzy byli poddawani ocenie w kierunku przeszczepienia serca.
Sekwencjonowanie DNA
Sekwencjonowanie następnej generacji przeprowadzono na 43 genach, w tym na TTN (tabela S1 w dodatkowym dodatku). Ponad 95% docelowych baz zostało zsekwencjonowanych na głębokość odczytu ponad 20 razy (dane niepokazane)
[przypisy: Ginekolog łódź, leczenie endometriozy forum, USG piersi ]

Powiązane tematy z artykułem: Ginekolog łódź leczenie endometriozy forum USG piersi

Posted by on 20 kwietnia 2018

Dla porównania, pacjenci z rozszerzoną kardiomiopatią byli rekrutowani w Royal Brompton i Harefield NHS Foundation Trust w Londynie, jak opisano wcześniej.19 Sekwencjonowanie DNA i analizy
Zbudowaliśmy biblioteki kodowania barowego z genomowego DNA uzyskanego od 172 pacjentów z kardiomiopatią okołoporodową i 332 pacjentów z kardiomiopatią rozstrzeniową. Biblioteki wzbogacono o części kodujące białka 43 genów, które po zmutowaniu powodują poszerzenie kardiomiopatii, a następnie sekwencjonowanie (Tabela S1 w dodatkowym dodatku, dostępna w pełnym tekście tego artykułu w). 43 geny obejmują ogromną większość genów, o których wiadomo, że są związane z rozszerzoną kardiomiopatią i były obecne na dwóch platformach, które stosowano do sekwencjonowania pacjentów z kardiomiopatią okołoporodową i z kardiomiopatią rozstrzeniową.
W przypadku bibliotek kardiomiopatii okołoporodowej geny przechwytywano przy użyciu SureSelect Target Enrichment (Agilent Technologies) i sekwencjonowano w systemie sekwencjonowania HiSeq 2500 (Illumina). Odczyty zostały dostosowane do hg19 (GRCh37) za pomocą NovoAlign, wersja 3.02.04 (Novocraft), z pomiarami ustalonymi dla pełnego dopasowania Needlemana-Wunscha i karą za lukę wynoszącą 10. Warianty zostały zidentyfikowane za pomocą zestawu narzędzi do analizy genomu (GATK) Narzędzie HaplotypeCaller na podstawie GATK Best Practices.20 Warianty opisano za pomocą SnpEff i GRCh37.68.21 W próbkach pobranych od pacjentów z rozszerzoną kardiomiopatią, geny wychwytywano przy użyciu hybrydyzacji w roztworze i sekwencjonowano na SOLiD 5500XL (Applied Biosystems). Odczyty zostały zdemultipleksowane, zoptymalizowane za pomocą narzędzia SOLiD Accuracy Enhancement Tool i dostosowane do hg19 przy użyciu ukierunkowanego ciągu resekwencyjnego SOLiD. Warianty zostały zidentyfikowane przy użyciu oprogramowania do analizy genomowej LifeScope, wersja 2.5.1, z domyślnymi pomiarami i opatrzone adnotacjami przy użyciu Ensembl Variant Effect Predictor (API wersja 75 na GRCh37) .22
Analiza statystyczna
Użyliśmy dokładnego testu Fishera (do analiz dwustronnych) lub testu chi-kwadrat Pearsona dla analizy grup krzyżowych i grupowych. Częstotliwość skracania zmian została porównana między kohortami przy użyciu testu dwumianowego. Analizy przeprowadzono przy użyciu pakietu statystycznego R.
Wyniki
Badaj pacjentów
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka demograficzna pacjentów w każdej kohorcie i częstość występowania skracających się wariantów na początku badania. Łącznie 172 kobiety z kardiomiopatią okołoporodową rekrutowano z sześciu kohort (tab. 1). Około jedna trzecia pacjentów pochodziła z Afryki, zgodnie ze znanym wzrostem częstości występowania kardiomiopatii okołoporodowej w tej grupie. Pochodzenie zdefiniowano genetycznie za pomocą analizy zasad-komponentów wszystkich popularnych wariantów, które zostały zsekwencjonowane (ryc. S1 w dodatku uzupełniającym). Frakcja wyrzutowa była najniższa w grupie A, która składała się z pacjentów, którzy byli poddawani ocenie w kierunku przeszczepienia serca.
Sekwencjonowanie DNA
Sekwencjonowanie następnej generacji przeprowadzono na 43 genach, w tym na TTN (tabela S1 w dodatkowym dodatku). Ponad 95% docelowych baz zostało zsekwencjonowanych na głębokość odczytu ponad 20 razy (dane niepokazane)
[przypisy: Ginekolog łódź, leczenie endometriozy forum, USG piersi ]

Powiązane tematy z artykułem: Ginekolog łódź leczenie endometriozy forum USG piersi