Posted by on 9 września 2018

Rzadkie warianty (częstotliwość ExAC, <0,1%) zostały wybrane do dalszej analizy. Skupiliśmy się na skracających się wariantach, które obejmowały warianty nonsensu, framehift i splicingu, ponieważ przewiduje się, że mają silny wpływ na strukturę i funkcję białka. Wszystkie skracające się warianty zostały potwierdzone za pomocą tradycyjnego sekwencjonowania Sangera. Odmiana genetyczna w kardiomiopatii okołoporodowej
Spośród 172 kobiet z kardiomiopatią okołoporodową zidentyfikowaliśmy 26 osób, które nosiły 26 różnych rzadkich heterozygotycznych wariantów skracających w ośmiu różnych genach (tabela S2 w dodatkowym dodatku). Nie zaobserwowano homozygotycznych lub złożonych heterozygotycznych wariantów skracania. Jedenaście wariantów było nonsensem, siedem to zmiany ramek, a osiem dotyczy kanonicznych miejsc splicingu. Częstość występowania skracających się wariantów nie różniła się istotnie pomiędzy sześcioma kohortami (tabela 1). Ogólna częstość występowania skracających się wariantów u 26 z 172 kobiet z kardiomiopatią okołoporodową (15%) była istotnie wyższa niż w populacji referencyjnej exAC z ponad 60 000 próbek (4,7%, p = 1,3 × 10-7) i podobna do częstości w kohorta pacjentów z rozszerzoną kardiomiopatią (55 z 332 pacjentów [17%], P = 0,81).
Spośród 26 skracających się wariantów 17 (65%) dotknęło TTN (w 10% kohorty, P = 2,7 × 10-10 w porównaniu z populacją referencyjną). Skrócone warianty TTN zaobserwowano u 8 z 61 kobiet pochodzenia afrykańskiego (13%) i 8 z 102 kobiet pochodzenia europejskiego (8%). W referencyjnej populacji ExAC takie warianty stwierdzono u 2,1% osób pochodzenia afrykańskiego (P = 3,8 × 10-5) oraz u 1,1% osób pochodzenia europejskiego (P = 1,4 × 10-5). Cztery z wariantów skracania TTN (dwa nonsensy i dwa dawcy w miejscu składania) były identyczne z wariantami wcześniej zidentyfikowanymi u 26 pacjentów z rozszerzoną kardiomiopatią, którzy byli badani w Brigham i Szpitalu Kobiecym w Bostonie (Tabela Trzy z tych wariantów były nieobecne w ponad 60 000 egz. W bazie danych ExAC, a jeden zidentyfikowano tylko raz. Pięć wariantów skracania TTN (u 3% z 172 kobiet) jest również identycznych z wariantami opisanymi jako prawdopodobnie patogenne dla kardiomiopatii rozstrzeniowej w bazie danych ClinVar (www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar), w porównaniu z częstotliwością 0,1% znalezione w ExAC (P = 1,1 × 10-5).
Ryc. 1. Rycina 1. Białko tytanu i przestrzenny rozkład wariantów białka. Tytania, białko kodowane przez TTN, stanowi jedno z trzech głównych włókien sarkomeru serca, podstawowej jednostki tkanki mięśniowej prążkowanej. Regiony sarkomeru są oznaczone jako dysk Z (czerwony), pasmo I (nazwane jego właściwościami izotropowymi pod mikroskopem polaryzacyjnym, pokazane na niebiesko), pasmo A (nazwane z powodu jego właściwości anizotropowych, pokazane na zielono), oraz M-band (z niemieckiego mittelscheibe, dysk w środku sarcomere, pokazany na fioletowo). Wykazano rozkłady przestrzenne skracających się wariantów, które znaleziono w próbkach pobranych od pacjentów z kardiomiopatią okołoporodową (PPCM) i kardiomiopatią rozstrzeniową (DCM), wraz z rozkładem takich wariantów u zdrowych osób z grupy kontrolnej. U dołu diagramu pokazano genomowe locus TTN. N2BA i N2B oznaczają egzony (linie pionowe) kodujące dwa główne transkrypty sercowe
[podobne: lęk przed dentystą, pokrzywka fizykalna, terapia powięziowa ]

Powiązane tematy z artykułem: lęk przed dentystą pokrzywka fizykalna terapia powięziowa

Posted by on 9 września 2018

Rzadkie warianty (częstotliwość ExAC, <0,1%) zostały wybrane do dalszej analizy. Skupiliśmy się na skracających się wariantach, które obejmowały warianty nonsensu, framehift i splicingu, ponieważ przewiduje się, że mają silny wpływ na strukturę i funkcję białka. Wszystkie skracające się warianty zostały potwierdzone za pomocą tradycyjnego sekwencjonowania Sangera. Odmiana genetyczna w kardiomiopatii okołoporodowej
Spośród 172 kobiet z kardiomiopatią okołoporodową zidentyfikowaliśmy 26 osób, które nosiły 26 różnych rzadkich heterozygotycznych wariantów skracających w ośmiu różnych genach (tabela S2 w dodatkowym dodatku). Nie zaobserwowano homozygotycznych lub złożonych heterozygotycznych wariantów skracania. Jedenaście wariantów było nonsensem, siedem to zmiany ramek, a osiem dotyczy kanonicznych miejsc splicingu. Częstość występowania skracających się wariantów nie różniła się istotnie pomiędzy sześcioma kohortami (tabela 1). Ogólna częstość występowania skracających się wariantów u 26 z 172 kobiet z kardiomiopatią okołoporodową (15%) była istotnie wyższa niż w populacji referencyjnej exAC z ponad 60 000 próbek (4,7%, p = 1,3 × 10-7) i podobna do częstości w kohorta pacjentów z rozszerzoną kardiomiopatią (55 z 332 pacjentów [17%], P = 0,81).
Spośród 26 skracających się wariantów 17 (65%) dotknęło TTN (w 10% kohorty, P = 2,7 × 10-10 w porównaniu z populacją referencyjną). Skrócone warianty TTN zaobserwowano u 8 z 61 kobiet pochodzenia afrykańskiego (13%) i 8 z 102 kobiet pochodzenia europejskiego (8%). W referencyjnej populacji ExAC takie warianty stwierdzono u 2,1% osób pochodzenia afrykańskiego (P = 3,8 × 10-5) oraz u 1,1% osób pochodzenia europejskiego (P = 1,4 × 10-5). Cztery z wariantów skracania TTN (dwa nonsensy i dwa dawcy w miejscu składania) były identyczne z wariantami wcześniej zidentyfikowanymi u 26 pacjentów z rozszerzoną kardiomiopatią, którzy byli badani w Brigham i Szpitalu Kobiecym w Bostonie (Tabela Trzy z tych wariantów były nieobecne w ponad 60 000 egz. W bazie danych ExAC, a jeden zidentyfikowano tylko raz. Pięć wariantów skracania TTN (u 3% z 172 kobiet) jest również identycznych z wariantami opisanymi jako prawdopodobnie patogenne dla kardiomiopatii rozstrzeniowej w bazie danych ClinVar (www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar), w porównaniu z częstotliwością 0,1% znalezione w ExAC (P = 1,1 × 10-5).
Ryc. 1. Rycina 1. Białko tytanu i przestrzenny rozkład wariantów białka. Tytania, białko kodowane przez TTN, stanowi jedno z trzech głównych włókien sarkomeru serca, podstawowej jednostki tkanki mięśniowej prążkowanej. Regiony sarkomeru są oznaczone jako dysk Z (czerwony), pasmo I (nazwane jego właściwościami izotropowymi pod mikroskopem polaryzacyjnym, pokazane na niebiesko), pasmo A (nazwane z powodu jego właściwości anizotropowych, pokazane na zielono), oraz M-band (z niemieckiego mittelscheibe, dysk w środku sarcomere, pokazany na fioletowo). Wykazano rozkłady przestrzenne skracających się wariantów, które znaleziono w próbkach pobranych od pacjentów z kardiomiopatią okołoporodową (PPCM) i kardiomiopatią rozstrzeniową (DCM), wraz z rozkładem takich wariantów u zdrowych osób z grupy kontrolnej. U dołu diagramu pokazano genomowe locus TTN. N2BA i N2B oznaczają egzony (linie pionowe) kodujące dwa główne transkrypty sercowe
[podobne: lęk przed dentystą, pokrzywka fizykalna, terapia powięziowa ]

Powiązane tematy z artykułem: lęk przed dentystą pokrzywka fizykalna terapia powięziowa